Die Sammlung mittelalterlicher Handschriften besteht sowohl in einem kleineren Teil aus Bänden der Studienbibliothek des Jesuitenkollegs Münster als auch aus Beständen, die als Säkularisationsgut u.a. aus den Benediktinerabteien Liesborn und Werden, dem Chorherrenstift Böddeken und dem Zisterzienserkloster Marienfeld nach Münster gekommen sind.
Über 90% des Handschriftenbestandes der Bibliothek wurde im 2. Weltkrieg zerstört.
Heute erstreckt sich die Sammlung der mittelalterlichen Handschriften über einen Zeitraum vom 9. bis zum 16. Jahrhundert und zählt 100 Bände.
Die Tiefenerschließung der Signaturengruppe Cod 11 bis Cod 92 erfolgte durch den Katalog von Eef Overgaauw: